整个故事的主线，也逐渐明朗，当母体诞生时，出现了一个能够随意让母体随着他的意志而改变的人（黑客）。

除了人类最后的城市锡安外，从母体诞生的少数人类，都是被他所释放的。

他死后，先知曾预言他会归来，并带领人类走出矩阵，重获自由。

接下来的剧情其实很简单了，恢复、强化，并且熟悉如何在矩阵中，让自己以此为基础变得更强。

如何利用矩阵中的规则，显然与现实是不同的，特警可以随意借用矩阵中任何一个人类的身体，将其变为自己，甚至可以完美地利用矩阵中的规则，在矩阵中，他们几乎可以媲美神明。

不死、化身万千、改变规则、操控时间，各种让人匪夷所思的能力，一切的一切，都能办到。

人类进入矩阵，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人类之路，显然极为艰难。

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