自从医院体系及防疫组织组建以来，城市卫生的重要性和灾后疫病的传播机制已经渐渐成为了常识。明代的公共卫生防疫虽然还没能形成一个全国范围内的统筹管理组织，但是相比起前代而言，地方上的卫生自我管理体系已经相当接近于现代的乡社体制了。

而明代的医学研究之发达，也是自宋代之后的一个爆发期。大明的许多官员治理地方政绩一般，但是在医学上却很是有独到的见地。这一方面在于，不为良相即为良医的民间传统；另一方面则在于，市井内良医太少而庸医太多，作为四处奔波上任的官员，懂得一点医学知识，无疑是给自己多准备了一条性命，自然就有不少官员乐于去学习一点医学。

正因为承袭了前代遗留下来的乡社自我管理制度，再加上懂得医学知识的官员，所以此时的明代城市要远比欧亚其他国家的城市要干净卫生的多，也很少发生类似于欧洲黑死病这样遍及全大陆的瘟疫传播。

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