控制温度从而控制吞噬II菌落的基因表达，也是基因表达调控的重要应用之一。

在第二个生物池，吞噬II菌落的另一种基因表达，以处理化学物质调整PH值为主，这和吞噬I菌落处理工业污水的方式几乎相同。

经过两次生物污水处理池的处理后，第二个污水处理池的上层水（处理池上部70%的水）矿物质和微生物的含量已经达到了饮用水的标准。可以直接进入自来水厂等供水管网，也可以排放到河流、湖泊、湿地之郑

下部水则和死亡的菌落一起进入第一个生物污水池。

其中下部水再次和污水一起重新处理，而死亡的菌落和那些杂质、昆虫尸体一起被定期清理出来成为生态肥料（生活污水的重金属含量并不高）再次回归大自然。

高思绮道：“我们的污水处理机制处理简单，运行维护也简单，最主要的就是培养液、温控以及尸体的处理。吞噬II菌落最大的改变就是由当初的厌氧性菌落改变为兼性厌氧菌落，是否需要氧气不由外界环境调节，有菌落自己调节，所以处理池的设备更加简单，应用的范围也更广。”

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