文献中得来的大量药物资料，使得此书内容更为充实，体例亦较完备，曾由政府派人修订三次，加上了“大观”、“政和”、“绍兴”的年号，作为官书刊行。

明代的伟大医药学家李时珍（公元1518～1593年），在《证类本草》的基础上）进行彻底的修订，“岁历三十稔，书考八百余家，稿凡三易”，编成了符合时代发展需要的本草著作——《本草纲目》，于李时珍死后三年（1596年）在金陵（今南京）首次刊行。此书载药1892种，附方11000多个。李时珍在这部书中全面整理和总结了十六世纪以前中国人民的药物知识，并作了很大发展。他改绘药图，订正错误，并按药物的自然属性，分为十六纲，六十类，每药之下，分释名、集解、修治、主治、发明、附方及有关药物等项，体例详明，用字严谨，是中国本草史上最伟大的著作，也是中国科学史中极其辉煌的成就。李时珍长期亲自上山采药，远穷僻壤，遍询土俗，足迹踏遍了大江南北，对药物进行实地考查和整理研究，并用实事求是的科学态度力辟迂儒之谬论，痛斥方士之邪说，纠正了古代本草中不少药物品种和药效方面的错误，才使《本草纲目》一书达到前代一切本草远未达到的水平，这部书在十六世纪初就流传中外，曾经多次刻印并被译成多种文字，不但对世界医学作出了伟大的贡献，也是研究动植矿物的重要典籍。清代乾隆年间赵学敏编成《本草纲目拾遗》一书，对《本草纲目》作了一些正误和补充，增药716种。由汉到清，本草著作不下百余种，各有所长，但可称为总结性的，只有上述几书。其余如地方性的《滇南本草》（明·兰茂）、专记外来药物的《海药本草》（唐·李殉）。记载食物疗法的《食疗本草》（唐.孟铣）、记载救荒植物的《救荒本草》（明·朱橚）、侧重药物鉴别的《本草衍义》（宋·寇宗黄）、侧重药物炮炙的《炮炙论》（南北朝刘宋·雷敩）以及便于学习诵读、翻检查阅或临症参考的中小型本草多种。清代道光年间，吴其浚的两部专论植物的著作：《植物名实图考》和《植物名实图专长编》问世，前者记载植物1714种，后者描述了植物838种。对于每种植物的形色性味、用途和产地叙述颇详，并附有精确插图，尤其着重植物的药用价值与同名异物的考证，所以虽非药物专著，亦有重要的参考价值。此外，中国古代人民关于药物的知识还收栽在许多医学和方剂学的著作中。例如东汉张仲景所著的《伤寒论》和《金匮要略》、东晋葛洪的《肘后备急方》、唐·孙思邈的《干金备急方》和《千金翼方》、宋·陈师文等所编的《太平惠民和济局方》、明·朱橚等的《普济方》等等，不胜枚举。

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